不过这只是玩家的猜测，没有得到任何官方证实。例如，UmbrellaCorporation内部的叛徒、政府机构与UmbrellaCorporation之间的勾结等等。总体来说，《生化危机》系列的隐藏故事线索使得游戏的故事更加丰富多样，玩家需要通过探索和剧情线索的解读来完整理解整个故事的大背景和复杂关系。
《生化危机》系列的隐藏故事线索分为几个方面：
1. 病毒实验：整个系列的故事围绕着Umbrella Corporation公司的病毒实验展开。在隐藏的故事线索中，暗示了Umbrella Corporation的研究并不只是为了开发生化武器，而是为了掌握全球控制的力量。实验的目的是为了改变人类基因，创造出更强大、更有适应性的生物体。
2. 外星生物：在一些游戏中，出现了外星生物的线索。这些生物被认为是Umbrella Corporation在地球外部来源了生物技术，利用外星生物进行实验，并且可能卷入了异次元的影响。
3. 塞尔达与生化危机的连接：有一种说法是，《生化危机》系列与任天堂的《塞尔达传说》有着联系。这个说法主要是因为《天帝洞窟》地图中有一座位于山脚下的城堡，城堡的设计非常像《塞尔达传说》中的城堡赫拉。不过这只是玩家的猜测，没有得到任何官方证实。
4. 阴谋与背叛：隐藏故事线索中也展示了许多阴谋和背叛的情节。例如，Umbrella Corporation内部的叛徒、政府机构与Umbrella Corporation之间的勾结等等。这些阴谋和背叛的故事线索为整个系列增添了复杂性和紧张感。
总体来说，《生化危机》系列的隐藏故事线索使得游戏的故事更加丰富多样，玩家需要通过探索和剧情线索的解读来完整理解整个故事的大背景和复杂关系。